Les récifs coralliens souffrent actuellement des modifications rapides de leur environnement à cause des activités humaines. À côté des changements climatiques (réchauffement des eaux, acidification des océans) dont les effets sont globaux, les récifs souffrent également de modifications locales. Parmi celles-ci, la pollution est un facteur important.
Pour mieux appréhender cette menace, le Ministère Français de l'écologie, par le biais de l'Office Français de la Biodiversité, à la Direction de l'Expertise du Muséum d’Histoire Naturelle, a sollicité des experts pour réaliser une revue systématique concernant l'impact des substances chimiques sur les coraux tropicaux constructeurs de récifs. Le Dr Ferrier-Pagès, responsable de l'équipe d'Écophysiologie corallienne du CSM, collabore à cette étude.
Le but est de répondre à une question pratique (effet des polluants sur les coraux) en réalisant une synthèse de la connaissance, qui soit compréhensible de tous et robuste face aux critiques possibles. Elle s’appuie aussi bien sur des publications scientifiques que sur des rapports et elle suit un protocole standardisé et accrédité à l’échelle internationale.
Avant de réaliser cette revue, qui implique la recherche et la lecture de plusieurs milliers d’articles, un protocole de carte systématique a été publié dans Environmental Evidence. Ce protocole est également appelé liste témoin, et est constitué par un échantillon d’articles scientifiques qui seront utilisés ultérieurement. Le protocole met en place des choix (choix de bases de données, de mots-clés, de réplicabilité,...) permettant de sélectionner les articles qui seront utilisés dans la revue systématique selon deux critères :
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celui de rassembler le plus possible de publications sur la question posée, pour ne pas passer à côté de certains articles,
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celui d’avoir un minimum d’articles qui ne répondent en réalité pas à la question posée.
Cette étape est essentielle à l’étape suivante de revue systématique.