Physiologie et Biochimie

Composition de l'équipe

Directeur de recherche

Dr Sylvie TAMBUTTÉ

Chargé de recherche

Dr Didier ZOCCOLA
Dr Alex VENN
Dr Éric TAMBUTTÉ

Chercheur Post-Doctorant

Dr Philippe GANOT
Dr Duygu SEVILGEN

Technicien

M. Dominique DESGRE
M. Eric ELIA
Mme Natacha SEGONDS
Mme Nathalie TÉCHER

Doctorant

Mme Coralie BERNARDET

Activités

La thématique principale de l’équipe est l’étude de la Biominéralisation chez les coraux, processus qui conduit à la formation de leur squelette. Le squelette des coraux est un biominéral constitué d’une fraction minérale de carbonate de calcium et d’une fraction organique comportant des lipides, des protéines et des sucres. Le but de nos études est de comprendre comment le corail contrôle la formation de son squelette et nos recherches ont pour but de répondre à trois questions majeures :

  •  Une question physiologique : quels sont les  mécanismes mis en jeu dans le contrôle  de la biominéralisation?
  • Une question évolutive : la Biominéralisation résultet-elle du développement d’outils spécifiques et/ou de l’utilisation de fonctions ancestrales communes?    
  • Une question environnementale : Comment et pourquoi les coraux répondent au changement climatique et notamment à l’acidification des océans et pourquoi certaines espèces sont plus résistantes que d’autres?

Nos modèles principaux d’étude sont le corail rouge de Méditerranée, Corallium rubrum et le corail tropical Stylophora pistillata sur lesquels nous avons acquis des données depuis plus de 30 ans. Ces coraux appartiennent respectivement à la sous-classe des octocoralliaires et à celle des hexacoralliaires qui ont divergé avant l’apparition des biominéralisations et permettent donc de réaliser des études comparatives. Nos études vont de l’échelle de l’organisme jusqu’au gène en passant par les tissus, les cellules et les molécules. Nos approches combinent de la physiologie, de la microscopie, de la biochimie, de la biologie moléculaire et de la bio-informatique.
L’équipe réalise également des travaux à l’interface :

  • avec l’équipe d’Ecophysiologie  corallienne. Ce projet a pour but l’étude du génome et du métagénome du corail rouge de Méditerranée afin notamment d’enrichir la connaissance du  processus de biominéralisation et de caractériser les communautés bactériennes associées à ce corail.
  • avec l’équipe Mécanismes de résistance aux thérapies ciblées . Ce projet a pour but de déterminer la réponse à l’hypoxie du corail, situation qu’il rencontre la nuit. 
  • avec l’équipe IRCAN . Ce projet a pour but de déterminer les mécanismes à la base de la longévité des coraux en étudiant notamment la dynamique des télomères en conditions de stress.
  • avec Coraliotech. Ce projet a pour but d’utiliser une technologie permettant de produire de grandes quantités de protéines recombinantes de corail à des fins de recherche fondamentale et appliquées.

Les techniques mises en œuvre dans l'équipe de Physiologie/Biochimie sont nombreuses et variées :

  • Techniques de physiologie: cinétique isotopique, pharmacologie, chambres de Ussing pour études du transport des ions, microélectrodes in vivo pour mesure des paramètres pH, Ca, CO3 2-
  • Techniques de microscopie optique et électronique pour études ultrastructurales, immunohistochimie pour la localisation des protéines.
  • Techniques d'imagerie cellulaire in vivo : utilisation de sondes ioniques (pH, Ca) en microscopie confocale.
  • Techniques de biochimie : extraction de protéines, électrophorèse 1D et 2D, Western Blot, Dot Blot, chromatographie, tests de liaison au 45Ca2+, test de précipitation in vitro.
  • Techniques de biologie moléculaire : création de banques transcriptomique et génomique, PCR, qPCR, clonage, Southern Blot, Northern Blot, EMSA